Фамилия Рунин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Руня восходит к слову «руно» - «вся шерсть с целой овцы, сдираемая по весне, или же состригаемая полстью». Однако во владимирских и тверских говорах у этого слова было другое значение: «снятая с плеч худая одежка, лохмотья; старая рухлядь, домашний скарб всякого рода». Таким образом, Руней могли прозвать как стригаля овец (или кудрявого человека), так и старьевщика или бедняка. Возможно, в основе этого прозвища лежит слово «рунь» - «озимые всходы». В этом случае Руней могли называть ребенка, родившегося по весне. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Руня, со временем получил фамилию Рунин. О точном месте и времени возникновения фамилии Рунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Рунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.