Фамилия Руновская — типичный пример фамилии, образованной по модели, распространённой в среде польской шляхты, украинской старшины и русского духовенства. Суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту или роду, а окончание -ая закрепилось в русской традиции склонения. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто означали «чей-то сын» или «чей-то крестьянин», фамилии на -ский/-цкий изначально носили более аристократический или территориальный характер: «из такого-то места» или «владелец такого-то поместья». Поэтому Руновская — это не «дочь Руна», а скорее «та, что из Рунова» или «та, что из рода Руновских».

Основа фамилии — топоним Руново или Рунов. Таких названий в России и на Украине несколько: например, деревня Руново в Тверской области или село Руновщина в Полтавской. Первым носителем фамилии мог быть дворянин, получивший поместье при раздаче земель, или священник, которому давали фамилию по названию села, где стоял храм. Второй вариант — прозвищный корень Рун/Руно. В древнерусском языке «руно» — овечья шерсть, но чаще так называли густые кудри или бороду. Прозвище Руно могли дать человеку с пышной шевелюрой, а его потомки уже становились Руновскими, особенно если переходили в другое сословие и получали фамилию по отцу.

Спорный момент — возможная связь с фамилией Рунов, которая встречается чаще и явно старше. Руновская могла быть её «облагороженной» формой: в XIX веке крестьяне или мещане, выбившиеся в купцы или получившие образование, нередко меняли окончание, чтобы отдалиться от простонародного звучания. Однако прямой документальной цепочки «Рунов → Руновская» для этой фамилии не прослеживается — скорее всего, Руновские и Руновы развивались параллельно, от разных основ.

В женском варианте фамилия Руновская не меняется по роду: Руновская — для женщин, Руновский — для мужчин. В дореволюционных метриках можно встретить написание через «а» — Рунавская, что связано с акающим произношением в южнорусских говорах. Это ещё один аргумент в пользу того, что географический корень фамилии лежит в зоне распространения аканья, то есть в центральных или южных губерниях России.

Сословно Руновские — не единая группа. Встречаются как потомки польских шляхтичей (в гербовниках есть фамилия Runowski), так и русские священнические роды, и даже крестьяне, получившие фамилию при переписи по названию деревни. Без генеалогического исследования конкретной семьи определить, к какой ветви относились предки, невозможно — слишком разные пути вели к одной и той же фамилии.