Фамилия Руновский — типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, характерной для польской и западнорусской шляхты: основа + суффикс -ский/-цкий. Такие фамилии указывали на владение землей или место рождения. В основе лежит топоним Руново — название нескольких деревень, которые встречаются в исторических документах на территории современной Беларуси (например, в бывшем Минском воеводстве) и в западных областях России. Таким образом, первый носитель фамилии был либо помещиком, владевшим имением Руново, либо выходцем из этого селения.

Корень «Рун-» неоднозначен. Самая вероятная версия — от древнерусского или диалектного слова «рун» (шерсть, руно). В этом случае прозвище Руно мог получить человек с густыми, курчавыми волосами или овцевод. Менее распространенное объяснение — от глагола «рунить» (в некоторых говорах — «кричать, реветь»), что давало прозвище шумному или громкоголосому человеку. В польском языке есть слово «runo» с тем же значением «руно, шерсть», что делает связь с прозвищем одинаково вероятной для обеих традиций.

Суффикс -ский, в отличие от патронимических -ов и -ин, указывает на более высокий социальный статус. В XVI–XVII веках фамилии на -ский в Речи Посполитой (куда входили белорусские и украинские земли) закреплялись за служилым сословием — шляхтой. Поэтому предки Руновских, скорее всего, были мелкими землевладельцами или однодворцами, а не крестьянами. В России фамилия могла появиться после разделов Польши, когда часть шляхты перешла на русскую службу.

Встречается и вариант написания Руновский с ударением на втором слоге (Руно́вский), что характерно для восточнославянского произношения, и на первом (Ру́новский) — под влиянием польского языка. Встречаются однокоренные фамилии: Рунов, Рунин, Руновцев — все они восходят к тому же корню, но образованы по разным моделям. Руновский — самая «дворянская» по звучанию, что подтверждает её происхождение из шляхетской среды.