Фамилия Самборин — редкий пример, когда основа, на первый взгляд ясная, при ближайшем рассмотрении ставит больше вопросов, чем даёт ответов. Самое простое и самое вероятное объяснение лежит не в словарях иностранных слов, а в русской диалектной лексике. В говорах северных и сибирских областей «самбором» или «самбуром» называли человека своенравного, упрямого, который «сам борется» — делает всё по-своему, наперекор другим. Фамилия образовалась от этого прозвища по стандартной модели с суффиксом принадлежности -ин: Самборин — «сын Самбора». Суффикс -ин, в отличие от -ов, обычно указывает на прозвище или имя, оканчивающееся на -а/-я, но здесь он закрепился за основой на твёрдый согласный, что не редкость для прозвищной модели.

Вторая версия, менее убедительная, отсылает к названию города Самбор на западе Украины. В этом случае фамилия могла бы быть Самборский (с типичным суффиксом -ский для выходцев из местности), а Самборин — скорее русифицированная или упрощённая форма, возможная при переселении носителя в великорусские земли. Однако такая переделка встречается редко и обычно оставляет след в написании (Самборов, Самборский), поэтому прозвищное происхождение выглядит естественнее.

Словообразовательная модель Самборин необычна ещё и тем, что в ней нет уменьшительного или ласкательного суффикса, который часто «съедает» первоначальный смысл. Фамилия сохранила прозвище почти в чистом виде, что говорит о её сравнительно позднем закреплении — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда прозвища уже напрямую переходили в фамилии без дополнительных переоформлений. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где слово «самбор» бытовало в речи, и почти не встречается на юге и западе.

По сословию предки Самбориных, скорее всего, были крестьяне или посадские люди — прозвища, подчёркивающие характер, давали в среде, где человека ценили за личные качества, а не за титул. Дворянские роды с такой фамилией в исторических источниках не зафиксированы.