Фамилия Саненко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так: она образована по распространённой в украинском словообразовании модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», в XVI–XVIII веках активно присоединяли к именам и прозвищам в Поднепровье, Слобожанщине и Запорожье. Позже такие фамилии закрепились на всей территории, где жили украинцы, в том числе на Кубани и юге России.

Основа фамилии — сокращённая форма имени или прозвища Саня. Саня — это народный вариант канонического имени Александр (греч. «защитник людей»), но в украинской среде он мог закрепиться и как самостоятельное уменьшительное. То есть Саненко — буквально «сын Сани», то есть потомок человека, которого в быту звали Саней. В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, где суффикс указывал на принадлежность отцу (Саньков, Санин), украинское -енко фиксировало родовую связь: «чей?» — «Саненко».

Интересно, что в украинских реестрах XVII–XVIII веков встречаются и другие варианты: Санченко, Санечко, Санович. Но Саненко — наиболее компактная форма, которая не требует дополнительных суффиксов (как -к- в Санченко). Она могла возникнуть и на основе прозвища Саня, не связанного с именем: в некоторых говорах «саня» означало человека с характерным носом (от «сань» — нос, морда), но это предположение менее вероятно, так как имя Александр было исключительно популярным.

Географически фамилия Саненко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — Черкасской, Полтавской, Харьковской, а также в Краснодарском крае России, куда её принесли переселенцы-черкасы. В метрических книгах XIX века носители фамилии записаны преимущественно как крестьяне и казаки, что типично для украинских фамилий этой модели. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — она оставалась в простонародной среде.