Фамилия Сарапунин происходит от личного прозвища Сарапуня, и в её основе лежит целый веер значений, разобраться в которых непросто. Вопрос о происхождении прозвища остаётся открытым, и ономасты предлагают несколько версий, каждая из которых по-своему интересна.

Наиболее вероятной выглядит связь с тюркским словом sarap — «вино». В этом случае прозвище Сарапуня относилось к «профессиональным» именованиям: так могли прозвать винодела или человека, который торговал вином. Такая версия логична, ведь на огромных территориях, где русские соседствовали с тюркскими народами, заимствования из их языков в прозвищах встречались сплошь и рядом.

Другая гипотеза отсылает нас к киргизскому слову «сарап» — «строительная балка, положенная поверх стены вдоль». Если принять эту версию, то предок носителей фамилии Сарапунин мог быть строителем или зодчим, а прозвище закрепилось за ним по роду занятий. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, поскольку в основе многих фамилий лежат именно профессиональные термины, ставшие именами.

Существует и третья, экзотическая версия, выводящая прозвище из эстонского sarapuu — «лещина». Согласно ей, Сарапуней могли называть человека, жившего у зарослей орешника, или того, кто промышлял сбором лесных орехов. Эта гипотеза выглядит правдоподобной в контексте северо-западных регионов России, где влияние прибалтийско-финских языков было исторически сильным.

Сама фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Сарапунин — значит «сын Сарапуни», потомок человека с таким прозвищем. Стоит заметить, что эта фамилия не единственная в своём роде: от той же основы возникли и другие, например, Сарапулов, что говорит о широком бытовании прозвища в разных диалектных средах. Какую из версий ни принять, ясно одно: фамилия Сарапунин — это отражение живого народного словообразования, где прозвище, данное по ремеслу, месту жительства или внешней примете, намертво приросло к роду и пережило столетия.