Фамилия Сарапунин образована от прозвища Сарапуня. По одной из версий, оно ведет свое начало от турецкого нарицательного sarap - «вино». Вероятно, прозвище Сарапуня относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть виноделом. Возможно также, что прозвище Сарапуня восходит к киргизскому слову «сарап» - «строительная балка, положенная поверх стены вдоль». Исходя из этого, можно предположить, что предок Сарапуниных занимался строительством, зодчеством. Наконец, не исключена этимологическая связь прозвища с эстонским словом sarapuu - «лещина». В таком случае Сарапуней могли прозвать человека, который жил недалеко от зарослей орешника, или того, кто занимался сбором лесных орехов. Таким образом, потомок человека, которого звали Сарапуня, со временем получил фамилию Сарапунин.