Фамилия Саватюхона — редкий случай, когда в основе лежит не имя или прозвище, а географическое название. Вероятнее всего, она образована от топонима Саватюхи — названия деревни или хутора. Такие фамилии, оканчивающиеся на -она (с ударением на последний слог), характерны для западных регионов России, особенно для Псковской и Смоленской областей, а также для Беларуси. Суффикс -он- в данном случае — вариант более распространённого -ин-, указывающий на принадлежность: «человек из Саватюхов» или «сын Саватюха».

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от личного прозвища Саватюх. Если оно существовало, то его корень — Савватий (церковное имя) или Савва (народная форма). В таком случае суффикс -юх- типичен для украинской и белорусской традиции (ср. Ивасюк, Матюх) и обозначает уменьшительность или сыновство. Однако конечное -она (а не -ов или -ин) снова возвращает нас к топонимической версии: фамилия скорее указывает на место жительства, чем на родство.

Написание фамилии — Саватюхона, а не Саватюховна — тоже подсказывает её происхождение. В русской традиции фамилии на -она встречаются редко и почти всегда связаны с названиями сёл (например, Борона, Верёвкина). Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крестьянином или мещанином, переселившимся в город из деревни Саватюхи, и записанным по месту выхода. Точных сведений о существовании такого населённого пункта в открытых источниках нет, но модель образования фамилии полностью соответствует северо-западной русской ономастике.