Фамилия Семенькова хранит память о личном имени, которое носил ее основатель. В основе лежит форма Семенька — так в народе ласково или уменьшительно звали человека по имени Семен. Это народная версия крестильного имени Симеон, которое пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского оно означает «услышанный Богом в молитве», что делало имя почетным и широко распространенным среди всех сословий. Поэтому первая и самая правдоподобная версия происхождения фамилии — отчество: Семенька — сын Семена, а Семеньковы — его потомки.

Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательную модель, типичную для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках. Скорее всего, основатель рода был человеком простого звания: крестьянином, ремесленником или служилым человеком. Фамилии на -ов/-ев в то время получали в основном непривилегированные сословия, тогда как дворянство чаще оформляло фамилии через -ский или -ич.

Существует и менее распространенная версия, выводящая прозвище Семенька от глагола «семенить» — идти частыми, мелкими шагами. Если принять эту гипотезу, то прозвище могло характеризовать человека подвижного, быстрого в движениях, возможно, суетливого. Однако такая трактовка уязвима: глагол «семенить» фиксируется в русском языке достаточно поздно, а форма Семенька естественнее всего объясняется именно как производная от имени Семен, а не от глагола. Словообразовательная цепочка «Семен — Семенька — Семеньков» выглядит куда органичнее, чем связь с походкой.

Фамилия Семенькова встречается в разных регионах России, но чаще всего — в центральных и северных областях, где имя Семен было особенно популярно. В старинных документах встречаются и параллельные формы: Семенков, Семенов, Семенюков. Все они — родственники по корню, но Семенькова сохранила именно уменьшительную основу, что говорит о теплом, семейном отношении к предку. Такая форма могла закрепиться, если речь шла о молодом человеке или о младшем в роду.

Сегодня носительницы фамилии могут считать себя наследницами древнего именного пласта: их фамилия — не прозвище по ремеслу или месту, а отсылка к конкретному человеку, которого звали Семенька. Это редкий случай, когда фамилия сохранила ласкательный оттенок, который обычно стирается в официальных документах.