Фамилия Середник — редкий пример, когда прозвище, а не имя или профессия, стало основой для родового имени. Её корень — «серед-», который в восточнославянских говорах имел два основных значения: «средний» (по возрасту, положению или росту) и «середина» (как место или центр). Скорее всего, Середником называли среднего сына в семье (по аналогии с Большаком и Меньшиком) или человека, который жил в центре села, на «середке». В русских диалектах слово «середник» могло означать и крестьянина среднего достатка — не богача, но и не бедняка.

Модель образования проста: суффикс -ник, типичный для русских прозвищ, обозначающих лицо по характерному признаку (ср. Шутник, Грешник, Ударник). Такие прозвища редко становились фамилиями напрямую — обычно сначала появлялось отчество «Середников сын», которое потом застывало в форме Середников. Фамилия Середник без суффикса -ов встречается заметно реже и указывает на то, что прозвание закрепилось в качестве фамилии в беспатронимной форме — такое иногда случалось в северных и сибирских говорах, где фамилии на -их/-ых или нулевой суффикс были распространены.

Однокоренные фамилии — Середников, Середкин, Середняков — дают понять, что основа была продуктивной. Но именно Середник остаётся локальной и малочисленной. В дореволюционных переписях она фиксируется в основном в центральных губерниях (Тверская, Ярославская, Костромская), а также у старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные формы фамилий без родовых суффиксов. В XIX веке носители фамилии были преимущественно государственными крестьянами — то есть лично свободными, но привязанными к общине.

Спорных версий происхождения почти нет. Иногда пытаются связать Середника с «середой» (днём недели), но это натяжка: для прозвища по дню рождения использовали форму Середа (с ударением на последний слог), а не Середник. Также маловероятна связь с диалектным «середник» как названием инструмента или детали ткацкого станка — слишком узкое ремесленное значение, которое не дало бы большого числа носителей. Самое правдоподобное объяснение — прозвище по порядку рождения или по месту жительства, а фамилия сохранила ту форму, в которой прозвище бытовало в живой речи.