Фамилия Серпуховатин — редкий случай, когда географическое название соединилось с нестандартной словообразовательной моделью. В основе, скорее всего, лежит топоним Серпухов (город в Московской области), но суффикс -атин указывает на необычный путь формирования.

Обычно фамилии от названий городов образуются через суффиксы -ский/-цкий (Серпуховский) или -ов/-ев (Серпухов). Здесь же мы видим формант -атин, который в русских фамилиях чаще встречается в притяжательных формах от прозвищ или профессий (например, Баратин — от «барат»). Вероятно, Серпуховатин — это не прямая фамилия «из Серпухова», а прозвище, которое дали человеку, имевшему отношение к этому городу: выходцу оттуда, торговцу, который вёл дела с Серпуховом, или даже обладателю характерной серпуховской одежды или манер. Суффикс -атин в таком случае мог означать «свойственный серпуховцам» или «происходящий оттуда», но с оттенком прозвищной, а не официальной записи.

Менее вероятна, но возможна версия от некалендарного имени или прозвища Серпух, Серпуха (от слова «серп» или диалектного «серпуха» — вид травы). Тогда Серпуховатин — сын Серпухи или Серпуха, с тем же редким суффиксом. Однако географическая привязка к Серпухову выглядит убедительнее: город известен с XIV века, а фамилии с таким корнем встречаются именно в центральных регионах России.

Фамилия остаётся малочисленной. Её носители — потомки тех, кого в ревизских сказках записали не по стандартной схеме «сын такого-то», а по прозвищу, привязанному к месту. В этом её ценность для генеалога: она сразу указывает на вероятный регион происхождения предков — Подмосковье или южные земли Московской губернии, где Серпухов был заметным торговым и административным центром.