Фамилия Синотовы — редкий случай в русском ономастиконе: она почти наверняка имеет не прозвищное, а искусственное происхождение. Вопреки ожиданию, её основа не связана с «синетой» или «синяком», а восходит к церковному слову «синод». Наиболее вероятно, что Синотовы — это фонетический вариант фамилии Синодовы, который закрепился в письменных документах из-за особенностей произношения или ошибки писаря.

Слово «синод» пришло в русский язык из греческого, где σύνοδος означало «собрание», «собор». Так именовали собрание представителей христианской церкви, которое решало вопросы вероучения, религиозной нравственности, устройства и дисциплины. На православном Востоке, в Константинополе, к XV веку сложился постоянно действующий собор епископов при патриархе — Σύνοδος ενδημούσα, то есть «постоянно проживающий собор». Его постановлениями, под председательством патриархов, принимались важнейшие церковные решения. В других поместных церквях подобные органы называли «малыми синодами».

В Русской Церкви первым постоянно действующим синодом стал Святейший Правительствующий Синод, учреждённый Петром I. Это был государственный орган церковного управления, который заменил патриаршество и просуществовал до 1917 года. Именно с этим институтом, скорее всего, и связана фамилия Синотовы. Её мог получить человек, служивший при Синоде — канцелярист, сторож или иной мелкий чиновник, либо выходец из семьи, имевшей к нему отношение. Искусственные фамилии такого типа нередко давали в духовной среде, где было принято образовывать именования от названий церковных учреждений и должностей.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе «синод» добавили суффикс -ов-, а конечное «д» основы перед гласной в некоторых говорах смягчилось и перешло в «т», дав форму «Синотов». Подобные переходы встречаются в народной этимологии и при записи фамилий со слуха, поэтому вариант с «т» вполне закономерен. Менее правдоподобна версия о происхождении от личного имени или прозвища, так как в древнерусских источниках имя Синот не зафиксировано.

Фамилия Синотовы — замечательный памятник русской культуры, отразивший эпоху церковной реформы и бюрократизации церковного управления. Однако процесс формирования фамилий в России был длительным, и точно определить время и место происхождения рода можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Пока же можно уверенно говорить о её книжном, искусственном характере и связи с церковной историей XVIII–XIX веков.