Фамилия Смалинин образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Смалинин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Смаля. В основе лежит слово «смоль» или глагол «смолить». Прозвище Смаля могли дать человеку, чья работа была связана со смолой — смолокуру, дегтярю, тому, кто добывал или перерабатывал смолу. В лесных регионах России, особенно на севере и в средней полосе, смолокурение было распространённым промыслом: смолу использовали для пропитки корабельных канатов, деревянных построек, как герметик.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища по внешности или поведению: «смалистый» (то есть смолистый, чёрный, как смоль) — так могли назвать человека с очень тёмными волосами или смуглой кожей. Однако в таком случае логичнее было бы образование фамилии Смалёв или Смальцев, а форма на -ин чаще привязывается к основе на -а/-я: Смаля, Смоля.

Фамилия редкая, не встречается в массовых списках дворянских родов и не фиксируется в крупных исторических переписях как широко распространённая. По географии бытования Смалинины чаще встречаются в центральных и северных областях России, где смолокурение было традиционным занятием. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Смалинин, что является нормой для суффикса -ин, и двойной — Смаллинин, что обычно считается ошибкой или результатом позднейшего искажения.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Смалинин стоит в одном ряду со Смальковым, Смальцевым, Смоляниновым — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами и, соответственно, нюансами значения. Смалинин — самая прямая форма, указывающая на прозвище в именительном падеже.