Фамилия Смалюгова — женская форма мужской фамилии Смалюгов. В основе её лежит прозвище или нецерковное имя Смалюг, которое, скорее всего, связано с диалектным глаголом «смали́ть». В южных и западных говорах «смалить» означало «жечь, обжигать, опаливать». Так могли прозвать человека, занимавшегося выжигом угля, смолокурением или опаливанием туш после забоя скота. Прозвище могло относиться и к тому, кто имел привычку много курить или, в переносном смысле, «подпаливать» в ссорах.

Менее вероятна, но возможна связь с польским или белорусским словом «smalec» — смалец, топлёное сало. В этом случае прозвище Смалюг мог получить мясник или торговец салом. Однако фонетика фамилии (суффикс -юг вместо -ец) тяготеет к восточнославянской, а не польской модели словообразования.

Суффикс -юг в русских фамилиях встречается редко и обычно указывает на прозвищное происхождение. Он характерен для северных и северо-западных регионов России, а также для территорий, граничащих с Беларусью. Сама фамилия Смалюгов (и её женская форма Смалюгова) могла закрепиться в крестьянской среде, где прозвища по ремеслу или внешнему признаку переходили в фамилии без участия дворянской геральдики.

Фамилия не относится к числу распространённых, её носители встречаются в основном в центральных и западных областях России, а также в Беларуси. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Смалю́гова, хотя в разных говорах возможна вариативность.