Фамилия Смилянин — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание необычным суффиксом. В русской фамильной системе суффикс -ин встречается сплошь и рядом (Петров, Иванов, Смирнов), а вот -янин — редкость. Он указывает на принадлежность к определённой местности или народу: отсюда крестьянин, горожанин, римлянин. Смилянин, скорее всего, означало «выходец из Смилян» или «житель Смилян».

Что за Смиляны? Вариантов несколько. Наиболее вероятный — это название села или местечка на Балканах, прежде всего в Болгарии, Сербии или Хорватии. В Болгарии есть село Смилян (Smilyan) в Смолянской области, в Сербии — село Смиляновичи. Основа названия восходит к славянскому личному имени Смилян — производному от «смил» (смирный, кроткий) или от «смилятися» (сжалиться, умилостивить). То есть в основе лежит прозвище или имя с положительной характеристикой — «милостивый», «добрый».

Появление фамилии Смилянин у русских носителей — явление сравнительно позднее. В центральных русских областях она почти не встречается; её ареал — это либо южные регионы (Кубань, Ставрополье), либо территории, куда переселялись выходцы с Балкан в XVIII–XIX веках. Сербы, болгары, а также греки и молдаване нередко оседали в Новороссии и на юге Российской империи, и их фамилии на -янин или -ин закреплялись в документах. Не исключено, что предок носителя фамилии был не просто переселенцем, а человеком, которого в новой среде называли по месту прежнего жительства — «он из Смилян», а затем это прозвище превратилось в наследственную фамилию.

Морфологически фамилия стоит особняком: ударение падает на второй слог (Смиля́нин), а не на первый, как можно было бы ожидать от отчества от имени Смил. Это дополнительно подтверждает её топонимическое происхождение. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще всего означают «сын такого-то», суффикс -янин здесь работает как указатель на географическую привязку. Такая модель редка для русских фамилий, но хорошо знакома по украинским и южнославянским (например, фамилии на -як, -ук, -ич). Поэтому Смилянин — не столько «сын Смиляна», сколько «человек из Смилян».