Фамилия Стафейкин — редкий пример, где суффикс -ин присоединился не к привычному каноническому имени, а к его разговорной форме. Основа здесь — имя Стафей, которое является просторечным вариантом крестильного имени Евстафий (в переводе с греческого — «устойчивый», «крепко стоящий»). В русской народной среде длинные и непривычные греческие имена часто усекали до двух-трёх слогов: так из Евстафия получился Стахей, а затем и Стафей.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: к основе Стафей добавили фамильный суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Стафеев сын). Со временем конечное -ей в основе могло перейти в -ейк- под влиянием уменьшительно-ласкательных форм (Стафейка, как Ванька, Петька), что и закрепилось в написании Стафейкин. То есть фамилия буквально означает «сын Стафея» или «потомок Стафея».

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где имя Евстафий было распространено в простонародье. Встречается она нечасто — это не массовая фамилия, а скорее локальная, сохранившаяся в отдельных сёлах и деревнях. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян и посадских людей с именем Стафейко или Стафей, что подтверждает бытование этой формы задолго до закрепления фамилии.

По социальному происхождению носители Стафейкиных, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилии на -ин в этой среде образовывались от имён отцов, и отсутствие дворянского суффикса -ский или приставки фон- указывает на простое, неслужилое происхождение. Прямых сведений о знаменитых носителях фамилии нет, но это не умаляет её ценности как свидетельства живого народного словообразования.