Фамилия Стебунов образована от прозвища Стебун, восходящего к глаголу «стебать» - «хлестать». Прозвище упоминается в XV веке: Сенка Стебан, крестьянин, 1495; Стебан Семенов, крестьянин, 1495, Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Стебун, со временем получил фамилию Стебунов. Прозвище Стебун восходит к глаголу «стебать» - «хлестать». Возможно, прозвище Стебун образовано от украинского слова «стебнути» - «бить, хлестать, полосовать», «досаждать», «ловить, вытягивать из воды (рыбу)». Таким образом, его могли дать пастуху или погонщику лошадей, рыбаку, а также надоедливому или жестокому человеку. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Стебун, со временем получил фамилию Стебунов.