Фамилия Таркан — редкий случай, когда основа не обросла типичными русскими суффиксами вроде -ов или -ин. Она сохранилась в чистом виде, что сразу указывает на её позднее происхождение или нерусские корни. В русской среде такие фамилии чаще всего получали выходцы из тюркских народов, и здесь мы имеем дело именно с таким примером.

Корень «таркан» восходит к тюркскому слову «тархан» — титулу, который в разные эпохи носили военачальники, сборщики дани или представители высшей знати. В Золотой Орде и более поздних ханствах тарханом называли человека, освобождённого от податей за особые заслуги. В русские земли это слово попало вместе с татарскими служилыми людьми, которые после распада Орды переходили на службу к московским князьям. Со временем прозвище Тархан закрепилось за их потомками как фамилия.

Интересно, что слово «таркан» имеет и другое, бытовое значение в тюркских языках — так иногда называли жука-таракана. Это могло породить ироничное прозвище для суетливого или юркого человека. Однако для фамилии первая, «титульная» версия выглядит убедительнее: прозвища от титулов и званий давали чаще, чем от названий насекомых.

В русских документах фамилия Таркан встречается редко и географически привязана к регионам бывшего Казанского ханства, а также к южным губерниям — там, где исторически было сильное татарское влияние. Суффиксальное оформление фамилии отсутствует, что говорит о её фиксации в форме прозвища без русификации. Если бы предок носителя был крестьянином или посадским человеком, фамилия, скорее всего, получила бы окончание -ов (Тарканов). Сохранение исходной формы намекает на то, что носитель мог быть из служилых татар или из среды, где фамилии оформлялись не по русскому образцу.

Сравните с однокоренными фамилиями: Тарханов — русифицированный вариант, встречающийся гораздо чаще; Тархан — исходная форма, более редкая. Встречается также написание Таркан с одним «а» вместо «о» — это влияние акающих говоров или просто искажение при записи.