Фамилия Темниханов — один из тех случаев, когда на первый взгляд очевидная основа оказывается не такой простой. Самое прямое прочтение — от прилагательного «тёмный». Но если бы фамилию образовали напрямую от слова «тёмный» с помощью стандартного суффикса -ов, мы бы получили Темнов или Темняков. Здесь же мы видим суффикс -их- (Темних-анов), что сразу отсылает к северорусской модели образования фамилий на -их и -ых (Темных, Коротких). Такие фамилии обычно означали принадлежность к целому роду или семье: «из дома Темнихов». Однако в фамилии Темниханов суффикс -их- «застыл» в основе, а затем к ней добавили стандартный фамильный суффикс -ов, что типично для фамилий, которые при переезде носителей в центральные губернии «обрусевали» под общерусский стандарт.

Вероятнее всего, прозвище Темниха (а именно от него пошла фамилия) давали человеку либо с очень смуглой кожей и чёрными волосами, либо с угрюмым, нелюдимым нравом. В русских говорах слово «тёмный» могло означать не только цвет, но и «неграмотный», «забитый», или, напротив, «хитрый», «себе на уме». В любом случае, прозвище было ярким и цепким.

Встречается версия, что основа может быть тюркской, от слова «темник» — военачальник, командующий тьмой (десятью тысячами воинов) в Золотой Орде. Но фонетика фамилии этому противоречит: в русском языке «темник» дал бы Темников или Темниковский, а не Темниханов. Форма с -их- — чисто русская, народная, и скорее указывает на крестьянское происхождение рода из северных или сибирских регионов, где такие модели фамилий были распространены.

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда, что типично для прозвищных фамилий, а не для родовых от названий местности. Основной вывод: предок носителя фамилии Темниханов — человек, получивший выразительное прозвище Темниха, а его потомки, переезжая, оформили фамилию по общерусскому образцу, сохранив в памяти ту самую северную «-иху».