Фамилия Тихоня — редкий случай в русской ономастике: она образована напрямую от прозвища, минуя типичные фамильные суффиксы. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев, -ин или -ский, форма Тихоня представляет собой чистое прозвище, которое закрепилось за родом без переоформления. Такое могло произойти в среде, где фамилии только начинали складываться, — например, у крестьян или казаков, где прозвище нередко становилось фамилией в неизменном виде.

Основа прозвища — слово «тихоня», то есть человек тихий, скромный, нешумливый. В словаре Владимира Даля «тихоня» определяется как «тихий, смирный человек». Однако в народной речи у слова был и другой оттенок: так могли назвать того, кто прикидывается тихим, а себе на уме. То есть прозвище могло нести и ироничный смысл — как характеристика внешне спокойного, но себе на уме человека.

Поскольку суффикс -я в прозвищах часто указывал на пренебрежительность или уменьшительность, Тихоня могло быть не просто описанием, а дразнилкой. В этом смысле фамилия стоит в одном ряду с такими же бессуффиксными фамилиями-прозвищами, как Смирня, Гуля, Несмеяна. Все они фиксировали яркую черту внешности или характера, которая бросалась в глаза окружающим.

Географически фамилия Тихоня встречается редко и в основном на юге России — в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Украине. Это косвенно подтверждает её происхождение из крестьянской или казачьей среды, где фамилии долго не имели жёсткой формы и могли передаваться в виде прозвищ.

В отличие от фамилий, образованных от крестильного имени Тимофей (Тиша, Тихонов), Тихоня не имеет отношения к церковному имени Тихон. Связь здесь только звуковая: Тихоня — это именно прозвище, а не производное от святцев. Поэтому носители фамилии Тихоня не обязательно ведут род от человека по имени Тихон — скорее, от предка, которого за тихий нрав или скрытность так прозвали.