Фамилия Толоконикова — женская форма фамилии Толокоников. В основе лежит прозвище или профессиональное именование Толоконник. Слово «толоконник» в русских говорах имело два основных значения. Первое — человек, который любит или часто ест толокно (овсяную муку, разведённую водой или молоком). Второе — прозвище того, кто занимался изготовлением или продажей толокна. В старину толокно было важным продуктом повседневного питания, особенно в крестьянских и посадских семьях: его брали в дорогу, кормили детей, готовили из него похлёбки. Прозвище Толоконник мог получить либо крестьянин, державший мельницу и торговавший толокном, либо просто человек с заметной любовью к этому блюду.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на типичную модель образования русских фамилий второй половины XVI–XVII веков: от прозвища отца добавляли притяжательный суффикс, получая фамилию для его потомков. Таким образом, Толокоников — буквально «сын Толоконника». Женская форма Толоконикова возникла как естественное грамматическое согласование: так записывали замужних женщин или вдов в метрических книгах.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где толокно было особенно распространено: Архангельская, Вологодская, Костромская, Ярославская губернии. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли свой говор и бытовые названия. В отличие от более частых фамилий на базе хлебных продуктов (Пирогов, Блинников, Калашников), Толокоников — редкий вариант, что говорит о более узком, локальном происхождении прозвища.

Стоит отметить, что в некоторых говорах «толоконником» могли иронично называть человека простоватого, недалёкого — по ассоциации с пресным, нехитрым вкусом толокна. Однако в основе фамилии скорее лежит конкретное занятие или бытовая привычка, а не обидная характеристика. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилия не выделяется отдельно, но её структура полностью укладывается в типичную схему русских фамилий от названий пищи.