Фамилия Толоконина образована от прозвища Толоконя, которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — «тот, кто любит или часто ест толокно» (овсяная мука, разведённая водой или молоком). Второе, переносное — «вялый, медлительный, ненадёжный человек» (от сравнения с размокшим толокном). В словаре В. Даля зафиксирован глагол «толоконничать» — «вести себя вяло, быть нерасторопным». Какое из значений легло в основу конкретной фамилии, сегодня определить невозможно — прозвище могло закрепиться и за лакомкой, и за медлительным работником.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Толоконин — «сын Толокони». Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я (ср. Бородин, Пряхин). Форма Толоконина — женский вариант, притяжательное прилагательное в родительном падеже, закрепившееся за женщинами в традиционной русской антропонимии.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий Толоконников или Толоконцев, вариант Толоконин встречается реже и, вероятно, возник в среде, где прозвище давали не по роду занятий (не «толоконник» — изготовитель толокна), а по личной характеристике. Фамилия бытует преимущественно в центральных и северных областях России, где толокно было распространённой едой. Встречаются также варианты с ударением на второй слог (Толоконина) — это может указывать на диалектные особенности произношения в конкретной местности.