Фамилия Толоконова — женская форма фамилии Толоконов, и её основа напрямую связана с повседневным бытом и едой. В центре фамилии лежит слово «толокно» — мука из овса или ячменя, которую не мололи, а толкли в ступе. Толокно было одним из главных продуктов крестьянского стола в северных и центральных губерниях России: его смешивали с водой, маслом или квасом, ели сытым и недорогим кушаньем.

Словообразовательная модель проста: к основе «Толокон» добавили суффикс -ов, который в русских фамилиях указывал на принадлежность («чей?»). Изначально Толоконов — это сын или потомок человека по прозвищу Толокон. Такое прозвище могли дать по двум причинам. Первая — профессиональная: толоконником называли того, кто делал или продавал толокно, а также человека, который толок зерно. Вторая — бытовая: прозвище могло закрепиться за любителем этого блюда или за тем, кто был медлительным и «размазнистым» (в народе толокном иронично называли вялого, нерасторопного человека).

В отличие от более распространённых «хлебных» фамилий (Мельников, Пшеницын), Толоконова сохраняет связь с конкретным технологическим процессом — толчением, а не помолом. Это указывает на более архаичный способ обработки зерна, который бытовал в хозяйствах, где не было мельницы. Интересно, что в некоторых говорах «толоконный» означало ещё и «бедный, скудный» (толоконный обед), так что прозвище могло отражать и материальное положение предка.

Фамилия встречается в основном в северных и волжских регионах — в Архангельской, Вологодской, Костромской, Нижегородской областях. В документах XVI–XVII веков фиксируются крестьяне Толоконниковы (с более сложным суффиксом), а форма Толоконов, от которой идёт Толоконова, — более короткая, свойственная крестьянской среде, где фамилии нередко усекались в быту. Написание через одно «н» (Толоконов, а не Толоконнов) — исторически верное, поскольку слово «толокно» пишется с одной «н».