Фамилия Томашкова образована от мужского имени Томаш, а точнее — от его просторечной формы Томашко. Само имя Томаш восходит к арамейскому слову со значением «близнец» и является западным аналогом русского имени Фома. Отсюда же и знакомое каждому выражение «Фома неверующий», ставшее нарицательным для человека, который сомневается в очевидном.

В основе фамилии лежит не каноническая, а именно разговорная форма имени — Томашко. Такие уменьшительно-ласкательные варианты были широко распространены в повседневной речи: имя Томаш в быту звучало как Томашко, и именно эта форма закрепилась в качестве прозвания главы семьи. Потомки человека по имени Томашко со временем получили фамилию Томашковы, а женская форма Томашкова закрепилась за их дочерьми и жёнами.

Интересно, что фамилия отражает не только имя, но и модель именования, характерную для западнорусских земель. Форма на «-ко» типична для украинской и белорусской традиции, где такие имена, как Томашко, Ивашко, Гришко, были обычным делом. Позже, при переходе в великорусскую среду, окончание фамилии могло меняться, но основа сохранила память о первоначальном звучании.

Сама фамилия Томашкова встречается реже, чем её мужской вариант Томашков, но в целом она не относится к числу редких. Её носительницы могут проследить свою родословную до предка, которого в документах записывали как Томашко — и это имя, а не фамилия, было его личным прозванием, отличавшим его от соседей.