Фамилия Труханенкова — женская форма фамилии Труханенков, и её основа — не имя, а прозвище или, что вероятнее, профессиональное занятие предка. Разберём словообразовательную цепочку: Труханенков < Труханенко < Трухан. Суффикс -енко типичен для украинской и южнорусской ономастики: он указывает на «малого», «сына» или «потомка» человека, названного корнем. То есть Труханенко — это буквально «маленький Трухан» или «сын Трухана».

Корень «трух-» в славянских говорах связан с гниением, ветхостью, ломкостью. В диалектах «труха» — это перегнившее сено, мусор, труха от дерева. Отсюда же «трухлявый», «трухнуть». Менее очевидная, но возможная версия — связь с глаголом «трухать» (трясти, бежать рысцой), который в некоторых говорах означал «спешить», «суетиться». Однако основа «трух-» именно в значении ветхости встречается чаще.

Прозвище Трухан могли дать человеку не по внешности (например, хиленькому, «трухлявому»), а по роду занятий. В ремесленной среде так могли называть того, кто работал с отходами, перебирал ветошь, или же крестьянина, чья скотина паслась на трухлявом сене. В северных и центральных губерниях России слово «труха» также обозначало мелкий корм для птицы, так что Трухан мог быть птичником или конюхом, занимавшимся заготовкой трухи.

Фамилия Труханенков (и её женская форма Труханенкова) — относительно редкая. Она не встречается в массовых боярских или дворянских списках, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Основные очаги бытования — Брянская, Смоленская области и прилегающие районы Беларуси, где суффикс -енко особенно распространён. В польской ономастике есть фамилия Truchan, но она чаще связана с именем Трофим (через диалектное «Трухан»), что добавляет ещё одну гипотезу: Трухан могло быть народной формой крестильного имени Трофим («кормилец»), усечённой до «Трух-». Однако прямая фонетическая связь Трофим → Трухан неочевидна: в говорах скорее ждали бы «Трохан» или «Троша».

Сравнение с однокоренными фамилиями (Труханов, Трухин, Трухинько) показывает, что Труханенков — самая «молодая» форма, возникшая не ранее XVII–XVIII века, когда модель на -енко стала массово вытеснять старые русские патронимы на -ов. Таким образом, предок носительницы фамилии был, скорее всего, крестьянином или ремесленником из западных русских земель, чьё прозвище или уменьшительное имя Трухан закрепилось за его сыном.