Фамилия Трунилин образована от прозвища Трунила, и в её основе лежит живое, разговорное слово, а не церковное имя. Прямой ответ на вопрос, откуда она взялась, такой: предка могли прозвать Трунилой за характер или за манеру одеваться, а уже его дети и внуки закрепили это прозвище за своим родом.

Самая вероятная версия связывает прозвище с глаголом «трунить» — шутить, насмехаться, подшучивать. В этом случае Трунилой называли язвительного человека, любителя острых словечек и едких замечаний. Прозвища по характеру — один из самых древних и распространённых типов именований, так что здесь фамилия честно рассказывает о том, каким был её первый носитель.

Есть и вторая версия, более прозаичная. Она отталкивается от слова «трун» — так в некоторых говорах называли тряпку, отрепье, лохмотья, ветошь, обноски. Тогда Трунилой могли прозвать человека, который ходил в старой одежде, либо старьевщика, либо, в переносном смысле, скупца, который жалел денег на новое платье. Обе гипотезы имеют право на жизнь, но первая выглядит убедительнее: глагол «трунить» широко известен, а вот слово «трун» в значении тряпки — узко диалектное и встречается реже.

Однокоренные именования фиксируют письменные источники начиная с XVI века. Степан Веселовский в своих ономастических работах упоминает: Трун, крестьянин (1545 год, Новгород), Трунец Иван, рыболов (1585 год, Псков) и Григорий Трунов, дворцовый дьяк (1600 год). Эти примеры показывают, что основа «трун-» была жива в разных слоях общества — от крестьян и рыболовов до людей при царском дворе.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательную модель: Трунилин — это «сын Трунилы», то есть потомок человека с таким прозвищем. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Со временем прозвище перестало быть личной характеристикой и закрепилось за всем родом, превратившись в наследственную фамилию.

Что касается географии, то новгородские и псковские корни, которые прослеживаются в ранних упоминаниях, позволяют предположить, что фамилия Трунилин чаще встречается в северо-западных регионах России, хотя со временем, конечно, разошлась по всей стране.