Фамилия Трунилин — это классический пример того, как личное прозвище, данное человеку за характер или внешность, закрепилось за его потомками и превратилось в родовое имя. Перед нами типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс принадлежности -ин». Если основа Трунила, то суффикс -ин указывает на прямого наследника: сын Трунилы, внук Трунилы.

Корень здесь спорный, и это как раз тот случай, когда у фамилии есть две равноправные версии происхождения. Первая отсылает к глаголу «трунить» — шутить, насмехаться, подшучивать. В этом случае Трунилой называли человека с острым языком, любителя подколоть собеседника, язвительного острослова. Вторая версия ведет к слову «трун» — так в старых говорах называли тряпку, отрепье, ветошь, лохмотья. Тогда прозвище могло закрепиться за тем, кто носил старую одежду, торговал подержанным тряпьем, а то и за скупым человеком, который жалел денег на обнову.

Письменная история однокоренных именований прослеживается с XVI века. В актах, собранных С. Б. Веселовским, встречаются: Трун, крестьянин (1545 год, Новгород), Трунец Иван, рыболов (1585 год, Псков), а также Григорий Трунов, дворцовый дьяк (1600 год). Эти записи показывают, что прозвища с корнем «трун-» были живы в разных слоях общества — от крестьян и рыболовов до служилых людей. Фамилия Трунилин, как и её однокоренные собратья Трунов, Трунин, Трунцев, встраивается в этот ряд, хотя точное место и время её возникновения назвать сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, и каждая ветвь шла своим путём.