Фамилия Трунилов происходит от прозвища Трунило. В его основе лежит глагол «трунить» — шутить, насмехаться, подшучивать. Так могли прозвать язвительного человека, любителя острых словечек и колких замечаний. Впрочем, есть и вторая версия, которая связывает прозвище со словом «трун» — так в некоторых говорах называли тряпку, отрепье, ветошь. Тогда Трунилом могли обозвать человека, ходившего в старой одежде, старьевщика или просто скуповатого.

Однокоренные именования встречаются в письменных источниках с XVI века. В исследованиях С. Б. Веселовского упоминаются: Трун, крестьянин (1545 год, Новгород), Трунец Иван, рыболов (1585 год, Псков) и Григорий Трунов, дворцовый дьяк (1600 год). Эти записи показывают, что прозвища с этим корнем бытовали в разных слоях общества — от крестьян и рыболовов до служилых людей.

Суффикс -ило в прозвище Трунило типичен для именований по характерному действию: он подчеркивает, что человек постоянно трунит, то есть является носителем этого качества. Позже, при образовании фамилии, к основе добавился патронимический суффикс -ов, и потомки человека по прозвищу Трунило стали писаться Труниловыми.

Фамилия встречается в документах XX века. В Книге памяти Самарской области записаны крестьяне из села Новый Аманак Похвистневского района: Трунилов Виссарион Павлович, родившийся в 1877 году, Трунилов Иван Михайлович (1919 года рождения) и Трунилов Михаил Иванович (1897 года рождения). Эта локальная запись показывает, что фамилия закрепилась в поволжских селах и передавалась из поколения в поколение.

Какая из двух версий происхождения правдоподобнее? Скорее всего, основная масса носителей фамилии ведет род от человека с острым языком, поскольку глагол «трунить» был широко распространен в живой речи, а вот слово «трун» в значении ветоши встречалось реже и носило узко диалектный характер.