Фамилия Цалкин — одна из тех, где разбор упирается в неочевидную основу. Первое, что бросается в глаза: суффикс -ин. В русской модели образования фамилий он указывает на принадлежность: «чей?» — «Цалкин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Цалка. Но что стоит за этим словом?

Самая вероятная версия ведёт к еврейской традиции именования. Фамилия Цалкин — вариант отчества от мужского имени Цалка, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой от библейского имени Бецалель (Бецалэль). В Пятикнижии Бецалель — мастер, создавший Ковчег Завета, имя означает «под сенью Бога». В идише и разговорном иврите оно сокращалось до Цалка или Цаля, отсюда и пошли фамилии Цалкин, Цалкинсон, Цалкинштейн. Такая модель — отчество с русским суффиксом -ин — типична для фамилий еврейского населения черты оседлости, особенно на территориях современной Украины и Беларуси.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с диалектным словом «цалка». В некоторых южнорусских и украинских говорах так называли цаплю или, реже, неуклюжую, долговязую женщину. Тогда прозвище Цалка мог получить человек с длинными ногами или характерной походкой. Однако эта гипотеза слабее: фамилия Цалкин почти не встречается в исконно русских сёлах, зато плотно представлена в метрических книгах еврейских общин XIX века.

Географически фамилия рассредоточена по всей территории бывшей Российской империи, но заметно чаще встречается в Могилёвской, Витебской и Киевской губерниях — как раз в тех местах, где еврейское население массово получало фамилии в начале XIX века. В советское время носители фамилии разъехались по крупным городам, и сегодня Цалкиных можно встретить от Москвы до Хабаровска, но численно это редкая фамилия.

Если смотреть на словообразовательную модель, то фамилия Цалкин — типичный пример гибридной формы: еврейская основа плюс славянский суффикс. В этом её отличие от «чисто» русских фамилий на -ов/-ев. В ономастических справочниках её обычно относят к группе фамилий, образованных от библейских имён в народной огласовке, что и подтверждает первую версию как основную.