Фамилия Цубарев — редкий случай, когда прозвищное имя почти полностью вытеснило в памяти исходное слово. Основа здесь — «цубарь», и это не опечатка и не искажение, а диалектное название пегого, рябого быка или вола. В южнорусских и украинских говорах «цубарый» означало «пёстрый, пятнистый», а «цубарь» — животное с такой мастью. Человек мог получить прозвище Цубарь за пёструю одежду, рябое лицо или просто по аналогии с норовом — упрямый, как вол.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Цубарев — сын Цубаря. Фамилия образована не от имени, а от прозвища, что типично для крестьянской среды, где церковные имена были, а бытовые клички — в ходу. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще шли от основ на -а/-я (Цубарин), форма на -ев закрепилась за основами на мягкий согласный и -рь.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. В дореволюционных переписях Цубаревы встречаются в Курской, Воронежской губерниях, в Области Войска Донского. Это зона, где скотоводство было основой хозяйства, а слово «цубарь» — обиходным. В северных регионах фамилия почти не фиксируется, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение.

Интересна параллель с фамилией Цуба, которая встречается у запорожских казаков. Если Цуба — от «чуба» (хохол), то Цубарев — совсем другой корень. Смешивать их не стоит: в первом случае основа — «чуб», во втором — «цубарь». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -ев от прозвищ на -арь описана как продуктивная для XVII–XVIII веков, но сам корень «цуб-» там не выделен — это редкая лексическая группа.

Версия о связи с тюркским «чубар» (пёстрый) возможна, но не обязательна: слово могло прийти и через украинские говоры, где «цубатий» — рябой. В любом случае, прозвище Цубарь не несло отрицательного оттенка — скорее, указывало на яркую внешность или характер. Носитель фамилии мог быть скотоводом, пастухом или просто человеком, которого заприметили за пёструю одежду.