Фамилия Вакула — редкий случай, когда за основу взяли не полную, а народную, разговорную форму крестильного имени. В церковном календаре есть имя Вукол, которое пришло из греческого языка и означает «пастырь, пастух». В народе это имя переделали в более привычное для русского слуха Вакула, и от этой формы и пошла фамилия.

Но есть и вторая версия, которая не связана с греческим корнем. В украинском и южнорусских говорах слово «вакула» могло означать болтуна, краснобая, человека, который любит поговорить. Так что вполне вероятно, что основателем рода мог быть не пастух, а просто говорун. Обе версии имеют право на жизнь, и какая из них верна для конкретной семьи, сказать уже невозможно.

Сама фамилия образована без суффикса — от имени или прозвища в его исходной форме. Это так называемые «прозвищные» фамилии, которые не склонялись по падежам и передавались в неизменном виде. По такой же модели появились фамилии Гаврила, Михайла, Фома, то есть те, что заканчиваются на -а и образованы от обиходных форм имен.

Фамилия Вакула встречается в основном на Украине и в южных областях России, что тоже подтверждает её народное, а не книжное происхождение. Среди дворянства она не фиксируется, так что предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками.