Фамилия Варакосина хранит в основе редкое прозвище, которое почти не встречается в современных говорах. Её ядро — слово «варакос» или «варакоса». В русских диалектах, особенно архангельских и вологодских, «варакосить» означало «делать небрежно, кое-как, портить работу». Соответственно, Варакосой называли неаккуратного, нерадивого человека, который всё делал тяп-ляп. Такая прозвищная модель типична для северорусской традиции: там охотно давали меткие бытовые характеристики по манере поведения или работы.

Фамилия образована по стандартной для женской линии модели: к основе «Варакос» добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Варакосина — буквально «жена или дочь Варакоса». В мужском варианте фамилия звучала бы как Варакосин, но в исторических документах она закрепилась именно в женской форме, что случается, если родословная прослеживается через женщину или если фамилия фиксировалась по материнской линии в крестьянской среде.

Ударение в фамилии плавающее: в разных регионах говорят и Варак`осина, и Варакос`ина. Первый вариант ближе к исходному прозвищу, второй — к распространённой модели ударения на суффикс. Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу: в переписях XVII–XVIII веков Варакосины встречаются в Вологодской и Архангельской губерниях, реже — в Пермском крае, куда переселенцы с Севера принесли прозвище.

Есть и более спорная версия, которую иногда выдвигают: связь с финно-угорским корнем, например, с карельским «varakas» — «богатый». Но она слабая, потому что в русских говорах слово «варакос» имеет чёткую негативную бытовую семантику, а переход от «богатого» к прозвищу маловероятен. К тому же фамилия почти не встречается в регионах с сильным карельским влиянием.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Вараксин, Варакса, Варакосов — показывает, что основа одна, но суффиксы различают ветви одного рода. Варакосина — форма, указывающая на прямое родство через женщину, что делает её ценной для генеалогии: если предок записан как Варакосина, это может говорить о вдовьем или девичьем хозяйстве, где фамилия пошла от матери, а не от отца.