Фамилия Варваркин образована по самой распространённой в русском языке модели: от женского имени через суффикс -ин. В основе лежит не само полное крестильное имя Варвара, а его обиходная, разговорная форма — Варварка. В старину так могли называть женщину в быту, в кругу семьи или соседей. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Варваркин», то есть сын Варварки. Греческое имя Варвара, от которого всё пошло, переводится как «чужеземка» или «иноземка», но это значение к моменту образования фамилии уже стёрлось и не осознавалось.

Интересно, что в русской ономастике фамилии на -ин от женских имён встречаются реже, чем от мужских. Обычно они возникали, если мать рано овдовела, была главой дома или пользовалась особым уважением в общине. Потомок женщины по имени Варварка со временем получал прозвание Варваркин сын, которое закрепилось как фамилия. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией в центральных губерниях России, что подтверждает её народное, а не дворянское происхождение.

Стоит различать фамилию Варваркин и однокоренные Варварин, Варваров. Первая образована от имени через суффикс -ин, вторая — через -ов, что типично для фамилий от мужских имён или прозвищ. Варварин — притяжательное прилагательное от имени Варвара, но в фамилии Варваркин мы видим именно уменьшительно-бытовую форму Варварка, что делает её уникальной среди родственных фамилий. Географически фамилия встречается в разных регионах, но наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется в Поволжье и на северо-западе России.