Фамилия Ваценко звучит на украинский лад: суффикс -енко указывает на украинское происхождение. В Украине и на юге России фамилии на -енко (Петренко, Шевченко, Бондаренко) означали «сын» или «потомок» человека, названного в основе. То есть Ваценко — это «сын Ваца» или «потомок Ваца».

Основа Вац- — это краткая форма от имени Вацлав или Вацлав. Имя Вацлав (чешское Václav, польское Wacław) восходит к древнеславянским корням vęt- («больший, великий») и slav- («слава»), то есть «великий славой» или «более славный». В русской традиции это имя известно в форме Вячеслав, а в польской и чешской — как Вацлав. Уменьшительная форма Вац (или Ваца) и дала фамилию Ваценко.

Вторая, менее вероятная версия: основа может быть связана с немецким словом Watz (диалектное прозвище для медлительного или неуклюжего человека) или с польским wac — «вага, вес». Но для украинской фамилии такое объяснение натянуто: суффикс -енко крепко привязан к восточнославянской ономастике, а не к западноевропейским заимствованиям. Правдоподобнее считать, что Ваценко — это «сын Ваца», а Вац — домашнее имя для человека, которого в крещении назвали Вячеславом.

Встречается фамилия преимущественно в центральной и восточной Украине, а также среди потомков украинских переселенцев в России. Сословной привязки нет: носители Ваценко могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами — суффикс -енко в XVII–XIX веках был распространён среди всех слоёв украинского населения, а не только среди знати.