Фамилия Винерцева — женская форма от Винерцев, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ев указывает на типичную русскую патронимическую фамилию: «чей?» — Винерцев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Винерц. Сама основа Винерц — редкая, и здесь кроется главная интрига. Скорее всего, перед нами не исконно русское слово, а прозвище, образованное от немецкой фамилии Винер (Wiener) или от названия города Вена (Wien). В южнорусских и украинских говорах, особенно в среде переселенцев и ремесленников XVIII–XIX веков, выходцев из Австрийской империи или германских княжеств могли прозвать «винерц» — то есть «венский», «тот, кто из Вены». Суффикс -ц в таком случае мог выполнять роль уменьшительной или пренебрежительной формы, либо указывать на происхождение с оттенком «родом оттуда».

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — фамилия могла возникнуть от церковного имени Венедикт (через просторечную форму Винер). Однако для этого потребовалась бы цепочка переходов, которые не зафиксированы в источниках, поэтому версия с географическим прозвищем выглядит убедительнее. Фамилия не относится к числу дворянских или старомосковских, её носители, скорее всего, были мещанами, ремесленниками или крестьянами из регионов, где оседали немецкие колонисты — Поволжье, Новороссия, окрестности Санкт-Петербурга. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что подтверждает её локальный или случайный характер. Похожие по модели фамилии — Винер, Винеров, Винерец — могут быть однокоренными, но Винерцева стоит особняком из-за редкого сочетания суффиксов, которое в русской ономастике почти не встречается за пределами заимствованных прозвищ.