Фамилия Винокуренко — характерный пример украинской модели образования фамилий с патронимическим суффиксом -енко, который буквально означает «сын» или «потомок». В данном случае — «сын Винокура». Такая словообразовательная модель была особенно распространена в Левобережной и Степной Украине с XVI–XVII веков, и по сей день фамилии на -енко остаются одними из самых узнаваемых маркеров украинского происхождения.

В основе фамилии лежит прозвище Винокур, которое происходит от нарицательного «винокур» — человека, занимавшегося изготовлением вина, то есть винокура. Глагол «курить» в старом значении означал «отапливать», «зажигать», «дымить», то есть буквально «варить вино» путём перегонки. Таким образом, прозвище относилось к так называемым «профессиональным» именованиям: предок носителя фамилии Винокуренко, скорее всего, был мастером-виноделом или владельцем винокурни.

На украинских землях винокурение было широко распространённым промыслом. Владельцы винокурен (гуральнь) часто становились зажиточными казаками или мещанами. Однако само прозвище могло закрепиться и за наёмным работником, и за ремесленником. Со временем именование Винокур перестало быть личным прозвищем и перешло в разряд наследственных фамилий, а форма Винокуренко окончательно закрепила родовую принадлежность: «чей?» — Винокуренко, то есть из рода Винокуров.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям Украины. В частности, в Книге памяти Саратовской области упоминается Харлампий Зиновьевич Винокуренко, родившийся в 1901 году в украинском городе Бердянске и работавший мастером кузнечного прессового цеха Первомайского завода. Эта запись — не только свидетельство миграции украинского населения в Поволжье в конце XIX — начале XX века, но и подтверждение того, что фамилия оставалась распространённой среди простого рабочего люда. В отличие, скажем, от фамилии Винокур, которая могла сохраниться в неизменном виде у еврейского или русского населения, форма Винокуренко — почти стопроцентный маркер украинского происхождения.