Фамилия Волкогонова образована от прозвища или мирского имени Волк. В древнерусской традиции волк — сильный, опасный, но и почитаемый зверь, поэтому имя Волк было нередким у славян до крещения и долго сохранялось в быту как прозвище. От него пошли фамилии Волков, Волчков, Волконогов — и Волкогонов. Вторая часть, -огон, — это не «огонь», а диалектный вариант слова «гон» (охота, гоньба зверя) или «гонный» (относящийся к гону). Волкогон — буквально «тот, кто гонит волков», охотник на волков или пастух, отбивающий стадо от хищников. В некоторых говорах «волкогон» означало и собаку-волкодава, но прозвище скорее относилось к человеку.

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ на согласный: Волкогон → Волкогонов. Такая модель в XVI–XVII веках закрепилась за крестьянскими и служилыми фамилиями центральной России. Фамилия редкая, её нет в списках массовых дворянских родов, что указывает на происхождение из крестьянской или казачьей среды, где прозвища по ремеслу или повадке были особенно распространены.

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегана) фамилии на -огонов разбираются как сложные, где вторая часть — глагольная основа, указывающая на действие. Волкогонов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Скорогонов, Пустогонов, где -гон- означает «гнать, преследовать». Сравнение с фамилией Волконогов (от волк + нога) показывает, что вариативность в народной этимологии была велика: Волкогонов — более прозрачный случай, без переосмысления.

Географически фамилия встречается в южнорусских и поволжских областях, где охота на волков была промыслом, а также среди донских казаков. В XIX веке зафиксирована в Воронежской и Тамбовской губерниях. Современные носители живут в России и Украине, но фамилия остаётся малочисленной — это не массовая фамилия, а локальная, сохранившая память о занятии предка.