Фамилия Волковойнова — редкий пример двойного суффиксального образования, которое сразу выдает её «матронимическое» происхождение. В основе лежит женское имя Волковойна — старорусская форма, где к имени Волкова (притяжательное прилагательное от Волк) добавили суффикс -ин- (-ина), указывающий на принадлежность. Получается: Волковойна — «жена или дочь Волкова». А сама фамилия Волковойнова — это уже «чей?» — потомок Волковойны. То есть предок носителя этой фамилии, скорее всего, был сыном женщины по имени Волковойна.

Обычно такие фамилии возникали в семьях, где отец рано умирал или отсутствовал, и сына записывали по матери. В русской ономастике это явление называют матронимическими фамилиями, и они встречаются реже патронимических (по отцу). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» упоминается, что двойные суффиксы типа -ов-ин- характерны для северных и центральных губерний, где сохранялись архаичные формы словообразования. Волковойнова могла закрепиться в крестьянской среде, где прозвища и имена часто передавались через женскую линию из-за частых смертей мужчин на промыслах или войнах.

Корень Волк- указывает на прозвище или мирское имя. Волком в древности называли человека с хищным нравом, одинокого или охотника. В сочетании с матронимом это даёт необычную картину: женщина Волковойна — буквально «принадлежащая Волку», дочь или жена человека с таким прозвищем. Сын её уже получал фамилию Волковойнов, а для женщин — Волковойнова.

Спорных версий здесь немного. Некоторые любители этимологии пытаются вывести фамилию от слова «волковой» (связанный с волками), но тогда форма была бы Волковойнов без двойного суффикса. Двойной суффикс — главный ключ: он однозначно указывает на матроним. Если встретите вариант Волковойнов — это мужская форма той же фамилии, но в быту чаще встречается именно женское окончание -а, так как носительниц больше.

Географически фамилия привязана к русскому Северу и Поволжью. В переписях XIX века Волковойновы фиксировались в Вологодской и Костромской губерниях, где матронимы были обычным делом. Сегодня фамилия редкая, её носители рассеяны по России, но сохраняют связь с древней традицией именования по матери.