Фамилия Войтун — редкий пример, где нестандартный суффикс -ун сразу выдаёт прозвищное происхождение. В русском языке суффикс -ун обычно образует названия людей по характерному действию или свойству: бегун, ворчун, говорун. Войтун — из того же ряда, но с корнем, который не сразу считывается.

Основа — «войт» (польское wójt, украинское війт). В Речи Посполитой и на западнорусских землях войтом называли выборного или назначаемого старосту, главу сельской общины, иногда с судебными и административными функциями. В отличие от воеводы или князя, войт — должность местная, низовая, но с реальной властью на своей территории. Фамилия Войтун, скорее всего, означала не сына войта (для этого был бы суффикс -ович или -енко), а человека, который по поведению, манере командовать или внешнему виду напоминал войта, либо того, кто служил при войте. Суффикс -ун придаёт оттенок просторечия, порой пренебрежения: не войт, а «войтишка», или, наоборот, «войтище» — большого начальника, который везде суёт нос.

Встречается фамилия преимущественно на западе Беларуси и в Украине, реже в Польше и среди потомков переселенцев в Сибирь. В русском контексте она могла возникнуть как прозвище, данное приезжему с польско-литовских земель, где должность войта была обычной. Сословно — почти наверняка крестьянская или мещанская, без дворянского герба.

Варианты написания — Войтун, Войтунн (редко), а также родственные Войт, Войтенко, Войтович. Если предок носил фамилию Войтун, он мог быть либо местным старостой, либо человеком, которого в деревне дразнили «войтом» за привычку распоряжаться.