Фамилия Забенько — украинская или белорусская по модели образования, на что указывает суффикс -енко. В восточнославянской ономастике этот суффикс традиционно означал «сын» или «потомок»: Забенько — буквально «сын Забени». Сама же основа фамилии — прозвище Забеня, которое стоит разобрать подробнее.

В основе прозвища лежит диалектное слово «бенечка» с приставкой «за-». В ярославских говорах «бенечка» означала вилку, а в костромских — рогатку или специальные вилы для подачи снопов при кладке скирд и молотьбе. Таким образом, Забеней могли прозвать человека, который работал с этими орудиями: крестьянина, занятого уборкой урожая, или того, кто умело управлялся с вилами при скирдовании.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «забенить» (в некоторых говорах — «забить», «заколотить», «закрыть»). В этом случае прозвище могло характеризовать манеру поведения или род занятий — например, плотника или мастера, который «забенивал» (заколачивал) что-либо.

Фамилия Забенько не относится к дворянским или знатным родам — её носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской или ремесленной среды. Географически фамилия встречается преимущественно на территории современной Украины (особенно в центральных и северных областях) и в приграничных районах Беларуси. В России она редка и обычно фиксируется в областях, куда переселялись украинцы в XIX–XX веках.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Забеня (без суффикса) встречается как самостоятельное прозвище, а Забенков — это уже русифицированный вариант с русским суффиксом -ов. Фамилия Забенько сохранила исходную украинскую форму и не подверглась адаптации под русские патронимические окончания.