Фамилия Заболотникова — русская фамилия, в основе которой лежит прозвище Заболотник. Слово «болото» с приставкой за- и суффиксом -ник дало имя человеку, который жил «за болотом». Такие прозвища по месту жительства были распространены в русских деревнях: болота часто служили естественной границей, и того, чей дом стоял по другую сторону, называли именно так.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -ник плюс суффикс -ов-. Это указывает на принадлежность к роду Заболотника: Заболотников — сын или потомок Заболотника. Окончание -а в женском роде (Заболотникова) не меняет смысла: это форма, которая закрепилась в документах за женщинами, но в быту вся семья носила фамилию Заболотниковы.

По сохранившимся записям, носители фамилии встречаются в разных регионах. В Книге памяти Томской области указан Алексей Михайлович Заболотников (1915 года рождения) из села Монастырское Шегарского района. В Книге памяти Московской области — Егор Андреевич Заболотников (1905 года рождения) из деревни Максимовка Сапожниковского района. Белорусский «Мемориал» хранит сведения о крестьянине Иване Федоровиче Заболотникове (1893 года рождения) из деревни Великое Село Освейского района Витебской области. Эти записи показывают, что фамилия бытовала на обширной территории — от Сибири до запада Российской империи, и её носители были в основном крестьянского сословия.

Само прозвище Заболотник — нередкое для северных и центральных русских областей, где болотистая местность была обычным ландшафтом. В отличие от фамилий, образованных от занятий или личных черт, эта фамилия прямо указывает на географию проживания предка.