Фамилия Заболтин — пример того, как географический ориентир мог стать фамильным прозвищем. В её основе лежит не имя и не профессия, а слово «заболотный» — «тот, кто живёт за болотом». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прилагательных с приставкой «за-» и суффиксом «-ин»: Заозёрин, Заречин, Запольсков. Суффикс «-ин» указывал на принадлежность: «чей?» — Заболтин, то есть человек из семьи Заболоты или Заболотного.

Однако есть и вторая версия, менее очевидная. В некоторых говорах «заболта» или «заболтень» называли человека рассеянного, который «забалтывается» — заговаривается или забывает о деле. Если фамилия возникла от такого прозвища, то Заболтин — потомок болтуна или растяпы. Эта версия правдоподобна для фамилий с суффиксом «-ин» от основ на «-а» (ср. Заикин, Загуляев), но всё же уступает первой по распространённости: в русских документах XVI–XVII веков «Заболотный» встречается куда чаще, чем личное прозвище «Заболта».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. В переписях XVII века Заболотины и Заболотские фиксируются в Вологодском, Архангельском и Костромском уездах — регионах с обилием болот и топей. Со временем «Заболотный» мог перейти в «Заболтин» под влиянием устной речи: окончание «-ой» часто редуцировалось, а фамилии на «-ин» были привычнее для крестьянского сословия.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт любопытную картину. Заболотский — более книжный вариант, характерный для духовенства или дворянства, получивших фамилию по названию села Заболотье. Заболтин же — фамилия простонародная, «полевая», без географической привязки к конкретному селу. Это значит, что предки носителя фамилии вряд ли были священниками или помещиками — скорее крестьянами или посадскими людьми, жившими у болотистой низины.

В написании фамилии возможны варианты: Заболтин, Заболтын, реже Заболтнин. Ударение обычно падает на второй слог — Забóлтин, хотя в некоторых говорах встречается вариант с ударением на последний слог. Современные носители фамилии рассеяны по всей России, но чаще встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — там, где болота были естественной границей селений.