Фамилия Забугина — женская форма фамилии Забугин, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа фамилии, скорее всего, связана с географическим названием или прозвищем, указывающим на местность. Корень «буг» в русских говорах означает холм, возвышенность, курган. Приставка «за» указывает на положение за этим объектом: «за бугром». Таким образом, Забугин — это тот, кто живёт за бугром, за холмом. В ономастике такая модель образования фамилий от указания места жительства (с помощью приставок и суффиксов) встречается часто: Загорский, Задорожный, Заречин.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Забуга, которое могли дать человеку, живущему за границей или за пределами какого-то условного «бугра» (например, за границей поселения). В этом случае прозвище могло иметь иронический оттенок, как у героев русских сказок, живущих «за тридевять земель».

Фамилия Забугин — редкая. В официальных источниках и справочниках по русским фамилиям (например, в работах Б. Унбегауна или В. Никонова) она не упоминается как широко распространённая. Это говорит о том, что она могла возникнуть в конкретной местности, возможно, в северных или центральных областях России, где топонимика с корнем «буг» встречается чаще. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где фамилии часто образовывались от названий урочищ или особенностей ландшафта.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Забугин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Забуга. Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. В современных базах данных фамилия Забугина встречается единично, что подчёркивает её локальный характер и возможное исчезновение в некоторых регионах.