Фамилия Загнитько — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, звучит необычно для современного уха, но было совершенно прозрачным для носителей живого южного говора. Это украинская фамилия, что выдают два признака: суффикс -к- (в украинской модели фамилий он уменьшительный или прозвищный) и окончание -о, характерное для украинских фамилий на -енко, -ко. Полная форма — Загни́тько, с ударением на второй слог, как у Грицько́ или Петько́.

Основа — глагол «загнити́» (загнить). Прозвище Загни́тько мог получить человек неряшливый, неопрятный, тот, за кем водилась привычка запускать дела или хозяйство до состояния гнили. Однако в народной лексике такие прозвища часто давались не впрямую, а с долей насмешки или иронии — как оберег от злых сил. Считалось, что если назвать ребёнка неблагозвучным словом, злой дух не позарится на «плохое» дитя. Так что первый носитель фамилии мог быть вполне опрятным человеком, получившим прозвище «от противного».

По модели образования фамилия Загнитько стоит в одном ряду с другими украинскими прозвищными фамилиями на -тько: Вернигора, Непийвода, Завалишина. Но здесь основа не призыв («верни гору»), а статичное описание состояния. Это редкий случай, когда фамилия образована не от имени или профессии, а от глагольной формы, описывающей не действие, а результат.

Географически фамилия привязана к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В России встречается редко, в основном у потомков переселенцев с Украины. В дореволюционных метрических книгах Загнитько чаще всего записаны как казаки или государственные крестьяне — сословие, где прозвища держались особенно долго и не вытеснялись «благородными» фамилиями на -ов.

Споров о происхождении этой фамилии почти нет: корень очевиден, а суффикс однозначно указывает на украинскую антропонимическую традицию. Единственная тонкость — не путать с фамилией Загнибеда (от «загнуть беду»). Здесь корень другой, хотя звучание похоже.