Фамилия Запаря — редкий пример, где окончание -я не указывает на украинское происхождение, а скорее наоборот, выбивается из привычных моделей. В русских фамилиях такое окончание чаще всего встречается в украинских (Шевченко, Палий) или польских (Сенкевич) вариантах, но Запаря явно не вписывается ни в один из этих рядов. Скорее всего, перед нами застывшая форма повелительного наклонения глагола — так называемая «императивная» фамилия.

В основе лежит глагол «запарить» или «запарять». В диалектах это слово имело несколько значений: заварить кипятком (запарить веник, корм скоту), довести до изнеможения (запарить лошадь в работе) или, в переносном смысле, устроить кому-то жаркую жизнь. Прозвище Запаря могли дать человеку с крутым нравом — тому, кто «запарит» любого, то есть задаст жару, загонит до седьмого пота. Вторая, более бытовая версия: так называли парня или мужика, который постоянно что-то запаривал — то ли чай в трактире, то ли корм для скота, то ли банные веники.

Суффикса в фамилии нет — это первичная форма, без патронимического -ов или -ин. Такие фамилии встречаются среди крестьян и казаков, где прозвище могло закрепиться без изменений. В официальных документах XIX века крестьянину или мещанину с таким прозвищем нередко дописывали «сын Запаря», а затем и сама фамилия застыла в этой форме.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять модель. Запарин (с суффиксом -ин) — более стандартный вариант, означающий «сын Запари». Запаров — тоже возможная форма, но встречающаяся реже. Сама же фамилия Запаря — это как раз исходное прозвище, которое не стали «причесывать» под общие правила.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям, особенно к Воронежской и Ростовской, а также к территории бывшей Слобожанщины. Там глагол «запарить» в значении «замучить работой» был в ходу, и прозвище могло закрепиться за человеком, который сам не давал спуску ни себе, ни другим.