Фамилия Заппаров — тюркская по происхождению, что сразу видно по её структуре. В ней выделяется корень «Заппар» и русский патронимический суффикс «-ов», который присоединяли к иноязычным основам, когда фамилии фиксировали в документах. Без этого суффикса остаётся имя Заппар, которое и легло в основу.

Само имя Заппар — арабское, восходит к «аз-Заппар» (или «аз-Заббар»), одному из эпитетов Аллаха в исламе, означающему «Всемогущий», «Сокрушающий» или «Неодолимый». В мусульманской традиции такие имена, образованные от божественных атрибутов, давали с надеждой на покровительство и силу. Поэтому предок человека с фамилией Заппаров, скорее всего, носил имя Заппар. Это имя могло быть дано мальчику в честь деда или как пожелание твёрдости духа.

Географически фамилия Заппаров распространена среди народов Поволжья и Приуралья — татар, башкир, а также встречается у казахов и других тюркоязычных групп. Суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде, чаще всего в XIX — начале XX века, когда проводилась массовая запись фамилий для крестьян и мещан. Если бы фамилия формировалась в чисто тюркской среде, она могла бы остаться в форме Заппаров — но с другим ударением, или вовсе без суффикса — просто Заппар.

В написании возможна вариативность: встречается двойное «п» (Заппаров) и одинарное (Запаров). Двойное «п» точнее передаёт арабское звучание и считается исходным, хотя в бытовых записях могли допускать упрощение. Версия с одной «п» — скорее всего, результат описки или адаптации к русской графике, где двойные согласные не всегда устойчивы.

Фамилия Заппаров не относится к числу древних дворянских или боярских — её носители в массе своей были крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми из тюркских народов. В сословном смысле она говорит о принадлежности к мусульманской общине, где имя Заппар было распространённым, но не уникальным. Сейчас это фамилия, которая встречается относительно редко, даже в регионах своего бытования, что делает её узнаваемой для тех, кто её носит.