Фамилия Зарукин образована по модели, характерной для русских фамилий на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в основе лежит слово, оканчивающееся на -а или -я, и фамилия буквально означала «чей-то сын» или «чей-то человек». В данном случае основа — прозвище или мирское имя Зарука.

Само слово «зарука» в русских говорах имело несколько значений. Наиболее вероятное — «поручитель», «заступник», тот, кто даёт «руку» (поруку) за кого-то. В древнерусском праве «зарука» означала поручительство, а «заручник» — поручителя. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был человеком, который часто выступал поручителем в сделках или судах, либо получил прозвище за надёжность и слово.

Менее распространённая версия связывает «заруку» с диалектным глаголом «зарукаться» — договариваться, бить по рукам в знак согласия. В этом случае прозвище могло закрепиться за торговцем или посредником.

Географически фамилия Зарукин встречается в центральных и северных областях России, но не является массовой. Её редкость объясняется тем, что слово «зарука» вышло из активного употребления ещё в XIX веке, уступив место более понятным «поручитель» и «порука». В отличие от фамилий, образованных от канонических имён (Иванов, Петров), Зарукин — прямая отсылка к социальной роли или черте характера предка, что делает её ценной для историка быта.