Фамилия Заянчуковская — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную этимологию. Основа здесь — топоним, скорее всего, название населённого пункта вроде Заянчуково, Заянчуковка или Заянчук. Суффикс -ск- указывает на дворянскую или польско-шляхетскую модель образования: так оформляли фамилии по названию имения или места, откуда человек был родом. Окончание -ая — типично для русской адаптации польских фамилий на -ский/-ская.

Корень «Заянчук» разбирается сложнее. Первая часть «За-» может означать «за чем-то» или «по ту сторону». Вторая — «Янчук»: это уменьшительно-притяжательная форма от имени Ян (польский аналог Ивана). «Янчук» — буквально «маленький Ян» или «сын Яна». Фамилия Заянчуковский/Заянчуковская могла принадлежать человеку, жившему «за Янчуком» — либо за селением, названным по имени первопоселенца Яна или Янчука, либо за реальным человеком с таким прозвищем. Версия, что корень «янчук» восходит к тюркскому слову (например, «янчук» — «карман» в некоторых тюркских языках), маловероятна: польско-украинский ареал бытования и суффикс -ск- уверенно относят фамилию к западнославянскому или западнорусскому ономастикону.

Фамилия несёт отчётливый отпечаток Речи Посполитой. В XVII-XVIII веках такие фамилии массово закреплялись за шляхтой и духовенством на территории современной Западной Украины, Беларуси и восточных воеводств Польши. После разделов Польши и вхождения этих земель в состав Российской империи фамилии на -ский/-ская распространились и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда бывшим помещичьим крестьянам нередко давали фамилии по названиям покинутых деревень.

Написание «Заянчуковская» с буквой «о» в суффиксе — типичная русская орфографическая норма (под ударением после шипящих и ц пишется «о», но здесь ударение, скорее всего, падает на «у»: Заянчуко́вская). В польской записи фамилия выглядела бы как Zajanczukowska. Встречаемость фамилии низкая, что подтверждает её происхождение от конкретного, возможно, уже исчезнувшего села. Носители фамилии сегодня рассеяны по России, Украине и Беларуси, но их немного — это не массовая фамилия, а реликт локальной ономастики.