Фамилия Жданухина — женская форма мужской фамилии Жданухин, и её разбор стоит начать с неочевидного суффикса. В русских фамилиях на -ухин обычно видят разговорную или пренебрежительную форму от имени или прозвища. Сравните: Ванюха — Ванюхин, Петруха — Петрухин. Здесь та же модель: основа «Ждан» плюс суффикс -ух(а) даёт прозвище Ждануха, а от него — фамилию Жданухин.

Корень «Ждан-» прозрачен: от глагола «ждать». В древнерусском языке существовало нецерковное имя Ждан. Его давали долгожданному, позднему или вымоленному ребёнку, которого родители ждали после многих лет бездетности или потери предыдущих детей. Имя было широко распространено среди крестьян и посадских людей вплоть до XVII века. Позже оно перешло в прозвище, а затем — в фамилию.

Формант -ухин указывает на то, что фамилия образована не напрямую от имени Ждан (тогда была бы Жданов), а от его уменьшительной или бытовой формы — Ждануха. Это типичная севернорусская и волжская модель словообразования. В южных и западных регионах России чаще встречается вариант Жданенко или Жданюк, а форма на -ухин выдаёт вероятную родину предков: Архангельская, Вологодская, Вятская губернии или Поволжье.

По сословной принадлежности носители фамилии почти наверняка были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ухин редко встречаются у дворянства — это признак народной, неканонической ономастики. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Жданухиных в переписях Тотемского уезда и Костромской губернии, что подтверждает северный след.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ждан» могло означать не только имя, но и терпеливого человека, которого не дозовёшься, или, напротив, того, кто постоянно ждёт. Однако для фамилии Жданухин первично именно значение имени-оберега: «долгожданный» — с надеждой на долгую жизнь и счастливую судьбу ребёнка.