Фамилия Жегунова — женская форма фамилии Жегунов, и её основа — прозвище или мирское имя Жегун. В русских говорах слово «жегун» имело два основных значения, и оба могли дать начало фамилии.

Первое и самое прямое — «тот, кто жжёт». В крестьянском быту так могли назвать человека, занятого выжигом угля, смолокурением или выжиганием леса под пашню (огневое земледелие). В северных и сибирских регионах, где подсечно-огневое земледелие сохранялось дольше, прозвище Жегун было особенно уместным. Второе значение — диалектное, зафиксированное в архангельских и вологодских говорах: «жегуном» называли бойкого, резвого, непоседливого человека, буквально «жгучего» в движениях. Такое прозвище могло закрепиться за подвижным ребёнком или работящим мужиком.

Суффикс -ов в фамилии Жегунов — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Жегуна». В русской ономастике фамилии на -ов образуются от основ, оканчивающихся на твёрдый согласный, и Жегун сюда вписывается идеально. Интересно, что фамилия встречается не повсеместно, а сгустками: по данным современных справочников, её носители чаще всего живут в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также на Урале. Это указывает на позднее закрепление фамилии в центрально-чернозёмных губерниях, куда она могла прийти с переселенцами из северных районов.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Жегалов, Жегулин, Жеглов — показывает, что все они восходят к глаголу «жечь», но через разные словообразовательные модели. Жегунов стоит ближе всего к прозвищу-характеристике, а не к имени по занятию (как, например, Смолокуров). Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо смолокуром, либо просто человеком с живым нравом — и оба варианта одинаково правдоподобны, хотя первая версия (по ремеслу) считается более типичной для русских фамилий.