Фамилия Желанникова — женская форма фамилии Желанников, которая образована от мужского прозвища или мирского имени Желанник. В основе лежит слово «желанник», у которого было два заметных значения, и оба могли стать источником фамилии.

Первое значение зафиксировано Владимиром Далем: «желанник» — это человек строгой и святой жизни, богоугодник. В этом случае прозвище давали тому, кто следовал православным традициям, возможно, отличался набожностью или аскезой. Второе, бытовое значение связано с корнем «желанный». Желанником могли назвать долгожданного, вымоленного ребёнка. Такие имена-обереги были распространены на Руси: называя сына Желанником, родители закрепляли в имени свою радость и надежду, а заодно — по народным верованиям — желали ему счастливой судьбы.

Не исключено и третье, промежуточное объяснение: имя Желанник давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос праведным, «божьим» человеком. В этом случае надежда родителей соединялась с религиозным смыслом.

Фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе Желанник прибавили патронимический суффикс -ов (Желанников), указывающий на принадлежность к роду («чей?» — сын Желанника). Форма Желанникова — это «дочь или жена Желанникова».

С точки зрения географии, фамилия редкая, сконцентрирована в центральных и северных регионах России, где были сильны старообрядческие и крестьянские традиции давать мирские имена. Сословно, скорее всего, предки были крестьянами или мещанами: в дворянской среде такие «говорящие» прозвища встречались реже.